Søopmålingen er organisatorisk opdelt i fire funktionsområder:

• Søopmålingen
• Søopmålingen Danmark (Sæson-udrustet)
• Søopmålingen Grønland (Sæson-udrustet)
• Søopmålingen Holmen

Søopmålingen har til huse i Farvandsvæsenets bygning på Christianshavn i København og er indordnet i Farvandsvæsenet som en sektion i Oce­anografisk afdeling.

Søopmålingen varetager planlægning og udførelse af søopmålingsopgaver i danske, færøske og grønlandske farvande. Dette omfatter koordinerin­g af nyopmåling af gennemsejlingsfarvandene samt de mere specifikke ønsker, der fremsættes af andre statslige institutioner og amts- og kommunale myndigheder.

På ”kontoret” bliver alle de opsamlede dybdedata endeligt efterbehandlet og lagret i en dybdedatabase. Det er også her, der bliver lavet rentegningskort, der sammen med dybdedatabasen danner grundlaget for søkortene, der fremstilles af Kort- og Matrikelstyrelsen.

Søopmålingen har også ansvaret for kvalitetskontrol af eksterne opmålinger og er sagsbehandler for opmålingstilladelser til private opmålingsfirmaer.

Endvidere kan det nævnes, at Søopmålingen giver ekspert-assistance til Søværnet vedrørende præcisionsnavigation og bundundersøgelser med sidescan-sonar – blot for at nævne nogle af de opgaver Søopmålingen varetager.

Søopmålingen Danmark(SOD), er etableret hele året men med hovedvægt på sejlads i sommermånederne. SOD består af de til enhver tid udrustede skibe og fartøjer, som delta­ger i opmåling i danske farvande.

Denne gruppe kan for eksempel bestå af:

• Et større opmålingsskib (pt. SF 300 Gribben).
• Opmålingsfartøjer af SKA-båds typen (pt SKA 15 og SKA 16 – afløses af to MKI-fartøjer i 2006).
• Opmålingsmotorbåde af O-båds typen.

Søopmålingen Danmark har til opgave at løse de af Søopmålingen planlagte opmålingsopgaver i egentlige danske farvande efter direktiv udstedt af Farvandsvæsenet.

Søopmålingen Danmark deltager i farvandsovervågningen og indgår i søredningstjenesten.

Søopmålingen Grønland, er et sæson-udrustet tjenestested og består af de til enhver tid udrustede skibe og fartøjer, som delta­ger i opmåling i grønlandske farvande.

Denne gruppe kan bestå af:

• En inspektionskutter.
• Opmålingsfartøjer af SKA-bådstypen (pt. SKA 11 og SKA 12).

Søopmålingen Grønland har til opgave at løse de af Søopmålingen planlagte opmålingsopgaver i grønlandske farvande efter direktiv udstedt af Farvandsvæsenet.

Søopmålingen Grønland er operativt underlagt Grønlands Kommando og indgår i søredningstjenesten.

Søopmålingen Holmen er Søopmålingens teletekniske kontor, værksted og lager belig­gende på Marinestation Holmen. Søopmålingen Holmen har ansvaret for, at Søopmålingens op­målingsudstyr bliver vedligeholdt og efterset, samt i samråd med chefen for Søopmålingen for­delt til opmålingsenhederne på en forsvarlig og hensigtsmæssig måde.