Forsvarsakademiets ledelse består af chefen for Forsvarsakademiet, cheferne for de tre fakulteter samt chefen for Forsvarsakademiets stab.
Chefen for Forsvarsakademiet
Den øverste chef for Forsvarsakademiet fastlægger i samarbejde med det øvrige forsvar de rammer, Forsvarsakademiet arbejder ud fra. Den daglige drift af akademiet varetages af Forsvarsakademiets stab samt fakulteterne.
Stabschefen
Forsvarsakademiets stabschef er ansvarlig for direktiver, planlægning og styring af stabens samlede opgaver. Stabschefen varetager på chefens vegne opgaver i relation til underlagte enheder og øvrige niveau I og II myndigheder i Forsvaret.
Fakultet for Strategi og Militære Operationer
Fakultet for Strategi og Militære Operationer (FSMO) gennemfører uddannelser inden for fakultetets kompetenceområder: Strategi, sikkerheds- og udenrigspolitik, militære operationer herunder campaign planning, sprog samt kulturforståelse. Fakultetet yder desuden støtte til forsknings-, studie- og udviklingsvirksomheden i Forsvaret inden for samme områder.
Fakultetet består af 5 enheder samt et koordinations- og planlægningselement. (Center for Operationsstøtte og Simulation er nedlagt).
Fakultet for Militær Ledelse og Pædagogik
Fakultetets kernekompetencer ligger inden for områderne krisepsykologi, pædagogik, ledelse, organisationsudvikling og socialfaglig rådgivning. Inden for disse faglige felter gennemføres uddannelse, rådgivning, forskning og formidling.
Fakultetet består i dag af:
Fakultet for Militær Historie og Videnformidling
Fakultet for Militær Historie og Videnformidling blev oprettet den 1. januar 2010 og samler Forsvarets Bibliotek og Center for Militærhistorie i ét fakultet. Samlingen knytter bånd mellem biblioteksvirksomheden og den militærhistoriske forskning. Dette vil på sigt skabe en øget synergi i forhold til blandt andet kulturarv og formidlingen af militærhistoriske artefakter, ligesom undervisningen inden for det historiske felt på officerskolerne vil nyde godt af et fremtidigt samarbejde.
Fakultetet består af: