Forsvarsakademiet tilbyder med mellemrum Ph.d-projekter inden for akademiets kerneområder. Det være sig inden for militær strategi og operationer, militærhistorie, sikkerhedspolitik eller ledelse og organisation.
De væsentligste kriterier for, at et Ph.d-projekt kan gennemføres ved Forsvarsakademiet, er, at det har relevans for Forsvaret, og at Forsvaret har behov for at få området dækket af et Ph.d-forløb, samt at Forsvarsakademiet har ressourcerne til at oprette projektet.
PhD-projekter kan ansøges af både nuværende medarbejdere på akademiet og af nye medarbejdere, som alene ansættes i et Ph.d-forløb.