Mange af terrænerne er også udpeget som internationale naturbeskyttelsesområder, i form af EU fuglebeskyttelsesområder og EU habitatområder – de såkaldte Natura 2000 områder. Omkring 16.000 ha af forsvarets skyde- og øvelsesterræner er beliggende i Natura 2000 områder, og disse terræner er således omfattet af Statens særlige Natura 2000 planlægning.

Forsvaret har besluttet, at drifts- og plejeplanerne anvendes som redskab til opfyldelse af forsvarets forpligtelse til planlægning inden for Natura 2000-områderne. Drifts- og plejeplanerne vil løbende blive fornyet, så forsvaret hele tiden er sikre på at leve op til de internationale naturbeskyttelsesmålsætninger.