Air Force Training Centre’s historie begynder på Flyvestation Værløse i 1953. Dengang hed skolen Forsvarets Hundeskole, og havde til huse i den næsten 175 år gamle "Fuglebækgaard". Hundeskolen uddannede hundeførere til alle tre værn og trænede hundene. I 1979 var pladsen blevet for trang, og man besluttede at flytte skolen til Flyvestation Karup.
Den 1. juni 1979 åbnede skolen på Karup og Forsvarets Hundeskole blev "omdøbt" til Flyvevåbnets Hundeskole. Ved overflytningen til Flyvestation Karup fik skolen ca. 500 ha. hede, mose og plantage til rådighed som træningsareal.
I slutningen af firserne nedsatte Flyvertaktisk Kommando en projektgruppe, som skulle vurdere mulighederne for en forbedring og effektivisering af uddannelsen af det personel, der tager sig af nærforsvar af flyvevåbnets tjenestesteder.
Resultatet af projektgruppens arbejde blev: "Rapport vedrørende strukturrationalisering i Flyvevåbnet". Rapporten anbefalede blandt andet, at der skulle oprettes en skole, som skulle gennemføre de uddannelser, der i fremtiden skulle sikre Flyvevåbnets evne til at kæmpe videre efter et angreb på enten en flyvestation, en radarstation eller lignende. Begrebet har den engelske betegnelse SURVIVE-TO-OPERATE (Overlev, for at kunne operere).
Fra Flyvevåbnets Hundeskole til FLOK
Den 1. juni 1993 blev Flyvevåbnets Operationsstøtteskole (FLOK) oprettet. I begyndelsen havde skolen to faggrupper, der tog sig af uddannelserne i "Passivt Forsvar" og "Bevogtning". I august 1993 blev fagområderne udvidet med "Stationsforsvar" og "Nærluftforsvar".
De forløbne år har givet en række erfaringer, hvilket har resulteret i en ændring af organisationen, så skolen nu kun har to faggrupper med betegnelserne: "Aktivt" og "Passivt Forsvar".
I slutningen af firserne nedsatte Flyvertaktisk Kommando en projektgruppe, som skulle vurdere mulighederne for en forbedring og effektivisering af uddannelsen af det personel, der tager sig af nærforsvar af flyvevåbnets tjenestesteder.
Indhøstede erfaringer gennem årene resulterede i en ændring af organisationen, og uddannelserne blev samlet i faggrupperne "Aktivt Forsvar" og "Passivt Forsvar".
FLOK blev til FFOS
Som følge af aftale om forsvarets ordning 2000-2004 af 25 maj 1999 blev Flyvevåbnets Operationsstøtteskole nedlagt den 31. juli 2000 og opstod dagen efter, den 1. august 2000, som Flyvevåbnets Førings- og Operationsstøtteskole, hvor den blev sammenlagt med Flyvevåbnets Sergent- og Reserveofficersskole (FLSR) og Eskadrille 661 (ESK661).
Flyvevåbnets Førings- og Operationsstøtteskole blev den 1. januar 2007 sammenlagt med Flyvevåbnets Specialskole, idet dele af Flyvevåbnets Specialskoles uddannelser blev overført til søværnet, andre købt civilt og den resterende blev overført til Flyvevåbnets Førings- og Operationsstøtteskole.
Nyt navn og ny organisation
Den første januar 2011 tog FFOS navneændring til Air Force Training Centre (AFTC) og samtidig blev der gennemført en større organisationsændring. 
INFO
Den primære del af det nye Air Force Training Centre er geografisk placeret på etablissementet Flyvestation Karup og Kølvråskole, mens Faggruppe Informatikuddannelse, som gennemfører værnsfælles IT-uddannelser, stadig er beliggende i Jonstruplejren ved Flyvestation Værløse.
Air Force Training Centre er også kendt som "Portalen til Flyvevåbnet", idet den uddanner alle værnepligtige menige, værnepligtige sergenter og reserveofficerer til Flyvevåbnet.
Skolen gennemfører desuden en omfattende kursusvirksomhed, herunder efter- og videreuddannelser af flyvevåbnets personel samt uddannelse og træning af flyvevåbnets mobiliserings- og reaktionsstyrkeenheder.