Det er ikke ganske klart, hvornår søværnets virke på Færøerne begyndte at antage en organiseret form, men allerede i begyndelsen af 1600-tallet indløb der klager fra færøske fiskere over fremmed indblanding i fiskeriet.
Bekæmpelse af sørøveri
Efter gentagne færøske klager over fremmed indblanding i fiskeriet, sendte kong Christian IV således i året 1615 et orlogsskib GABRIEL til Færøerne for at holde fremmede væk fra fiskeriet. I de efterfølgende år var der i højere grad tale om at bekæmpe sørøveri end egentlig beskyttelse af fiskeriet. Da den senere rigsadmiral Jørgen Daa opererede under Færøerne med to orlogsskibe, anholdt han tre "sørøverskibe", og gjorde herunder kort proces: 27 fremmede faldt under kampen, otte hængtes og 55 kastedes over bord.
Stationstjeneste på Færøerne
Da Christoffer Gabel i 1655 fik Færøerne i len af kong Frederik III, sendte han hyppigt bestykkede fartøjer til Færøerne for at beskytte handelen; der var dog ikke tale om egentlige orlogsskibe. Hans søn udvirkede, at et fartøj blev stationeret på Færøerne året rundt. Skibet, som hed JUSTITIA, var under færingen Niels Zachariasens kommando. Hans instruks lød bl.a. på: "I en afstand af fire mil af landet, ved lurendrejeres visitats og bemægtigelse, på det bedste at hjælpe". Den egentlige stationstjeneste på Færøerne blev indledt i slutningen af 1600-tallet.
Napoleonskrigene
Med Napoleonskrigene blev forbindelsen i det store hele afbrudt, idet den danske flåde i 1807 blev sat ud af spillet. Samme år erobrede englænderne med en brig fæstningen Tórshavn, det nuværende Skansen.
Efter den lange krigsperiode kom forbindelsen til Færøerne kun langsomt i gang, og kun med en meget spredt indsættelse af orlogsskibe i færøske farvande.
Inspektionstjenesten blev organiseret
Den egentlige fast organiserede inspektionstjeneste blev først indledt i slutningen af 1800-tallet, hvor damptrawlerne begyndte at gøre sig gældende, især skotske og engelske.
I årene mellem de to verdenskrige har adskillige inspektionsskibe gjort tjeneste under Færøerne. Skibsnavne som BESKYTTEREN, ISLANDS FALK, MARSTRAND, FYLLA, HVIDBJØRNEN og INGOLF var velkendte på Færøerne.
Marineradiostation Vaag oprettes
Ved anden verdenskrigs udbrud havde søværnet ingen skibe i færøske farvande, og det blev da også først i slutningen af 1945 og begyndelsen af 1946 at søværnet igen optog inspektionstjenesten ved Færøerne med skibe erhvervet i England: THETIS (korvet af FLOWER-klassen) samt HOLGER DANSKE og NIELS EBBESEN (fregatter af RIVER-klassen). I efteråret 1946 opstod et nyt søværnsislæt på Færøerne. Den 7. november blev orlogsflaget hejst over Marineradiostation Vaag, som var søværnets navn for LORAN-stationen. Søværnets personel stod for driften af stationen indtil 15. august 1948, hvorefter Fyrvæsenet overtog stationen.
Færøernes Marinedistrikt flytter til Tórshavn
Søværnets aktiviteter i færøske farvande førte til, at Færøernes Marinedistrikt blev oprettet den 5. september 1951 og fik til huse i to lejede bygninger beliggende på Hoyvíksvegur i Tórshavn.
Ca. 10 år senere, den 1. juni 1961, ændrede distriktet navn til Færøernes Kommando, og samme dato blev Marinestation Thorshavn oprettet som myndighed.
Lokaleforholdene blev imidlertid hurtigt for trange, og i 1963 blev Marinestationen på Hoyvíksvegur 58 bygget i nærheden af de lejede bygninger. Marinestationen blev således det nye hjemsted for Færøernes Kommando, som indtil 1979 bestod af kommandomyndigheden (Færøernes Kommando), Marinestation Thorshavn og Flåderadio Thorshavn. Siden sammenlægningen i 1979 har Færøernes Kommando været det fælles myndighedsnavn.
Sammenlægning af myndigheder
Ved indgåelsen af "Aftale af 25. maj 1999 om forsvarets ordning 2000-2004" blev det besluttet, at Færøernes Kommando og Flyvestation Tórshavn skal sammenlægges til én myndighed. Den 31. december 2000 nedlagdes således de to myndigheder, og den 1. januar 2001 oprettedes den nye niveau II myndighed, som benævnes Færøernes Kommando.
Selve den fysiske sammenlægning foregik over det næste halvandet år, og den 2. juli 2002 afholdtes en ceremoni, hvor Dannebrog blev nedhalet for sidste gang på Marinestationen. Nøglen til bygningerne blev herefter overrakt til Tórshavns borgmester. Den endelige udflytning var en realitet, og Mjørkadalur det nye hjemsted for Færøernes Kommando.
I forbindelse med det igangværende forsvarsforlig blev det i marts 2006 besluttet at nedlægge den store luftvarslingsradar og flåderadioen, med en reduktion i personelstyrken fra ca. 75 til ca. 25.
Flåderadioen blev derfor nedlagt den 21. juni 2006, hvorefter Kommunikationscenteret i Søværnets Operative Kommando overtog flåderadioens opgaver.
Radaren blev slukket og stoppet den 1. januar 2007, og demonteringen tilendebragt den 2. juni 2007, personelstyrken vil 1. juli være reduceret til ca. 25 personer.