Færøernes Kommando består af kommandochefen samt kommandoens stab.

Til støtte for sit virke har kommandochefen en stab, som består af Operations- og Planlægningsafdelingen og Støtte- og Forvaltningsafdelingen.

Chefen for Operations- og Planlægningsafdelingen er tillige stedfortrædende kommandochef.