Dansk militærhistorie i Grønland kan føres tilbage til Hans Egedes tid, da man udstationerede "soldatesquer" bestående af en sergent og tolv menige i kolonierne til beskyttelse mod plyndringer fra udenlandske hvalfangere.

Fra sidst i 17 hundrede tallet og op til 2. Verdenskrig udførte eller deltog Forsvarets personel meget aktivt i udforskningen af Grønland med ekspeditionsvirksomhed. I hele perioden har opmåling og tegning af landkort og søkort været udført af Forsvaret.

Udnyt­telsen af de store grønlandske fiskebanker i det 20. århundrede medførte øgede krav til fiskeriinspektionen, og søværnets besejling af de grønlandske farvande blev udvidet i dette øjemed.

I 1932 optrådte Marinens Flyvevæsen for første gang i Grønland, hvor de indgik i kortlægningsarbejdet med luftfotografering for Geodætisk Institut. Alt mili­tært arbejde blev udført som sommerarbejde fra maj til september, hvorefter skibene blev sejlet til Island eller Danmark og kut­terne blev lagt op for vinteren. Den mere aktuelle danske militære indsats i Grønland kan føres tilbage til tiden umid­delbart efter 2. verdenskrig. Da genoptog man fiskeriinspektionen og søopmå­lingen og oprettede en kommandomyndighed, Grønlands Marinekommando med hovedkvarter i Godthåb, til at varetage styringen af forsvarets aktiviteter i Grønland og forbindelsen til de amerikanske styrker.

I 1947 blev Grønnedal hovedkvarter for US NAVY operationer i Grønland, og basens navn blev "Naval Base Groennedal". Hovedformålet var at beskytte udskibningen af kryolit fra Ivigtut kryolitmine og at yde støtte i form af reparationsarbejder samt at forsyne skibe med bl.a. ammu­ni­tion og brændstof.

Efter at Danmark i 1949 blev medlem af NATO, undertegnede Danmark og USA i april 1951 en overenskomst om forsvaret af Grønland. Denne gav USA ret til at opretholde forsvarsområdet Søndre Strømfjord og etablere et nyt forsvarsområde i Thule, og den gav inden for NATO-kommandostrukturen chefen for Grønlands Marine­kommando status som “Island Commander Greenland”.

Grønlands Marinekommando blev en treværnskommando og skiftede 1. august 1951 navn til det nuværende "Grønlands Kommando". Den 10. august 1951 overtog Danmark  basen Grønnedal, som herefter blev etableret som Marinestation Grøn­nedal, senere Flådestation Grøn­nedal. GLK flyttede samtidig sit hovedkvarter fra Godthåb (Nuuk) til Grønnedal, hvor kommandoen siden har været.

I dag er der 60 mand tjenstgørende i Grønnedal, hvis vigtigste funktioner er stabsarbejde, bemanding af situationscenter og drift af servicefunktionerne på stedet samt Flåderadio Grønnedal. Grønnedal virker i begrænset omfang som forsyningsbase for inspektionsskibe og inspektionskuttere. Fra sommeren 1989 har søopmålingen i Grønland haft til huse i Grønnedal. Der er 2 opmålingsfartøjer stationeret i Grønnedal, hvortil specielle besætninger tilkom­manderes i opmålingssæsonen fra maj til oktober.

Kommandoen i Grønnedal har operativ kontrol over inspektionskutterne og inspektionsskibene, der har til opgave at udføre farvandsovervågning, suverænitetshævdelse, maritim forureningsbekæmpelse, eftersøgning og søredning samt fiskeriinspektion. Inspektionskutterne har patruljeområde ved Grønlands vestkyst og inspektionsskibene ved Grønlands øst- og vestkyst.

Slædepatruljen SIRIUS, med hovedkvarteret i Daneborg, har til opgave at udføre overvågning og suverænitetshævdelse i Nord- og Nordøstgrønland. SIRIUS og Forsvarets Vagt Mestersvig har politimyndighed, og fører kontrol med ekspeditioner i Nationalparken. Station Nord er forsvarets nordligste militære etablissement og har primært til opgave at holde landingsbanen åben hele året. Luftgruppe Vest i Søndre Strømfjord, der bemandes af flyvevåbnet, har til opgave at overvåge det grønlandske område fra luften samt at udføre kritiske patientevakueringer til Danmark.

GLK har en forbindelsesofficer (FOTAB) stationeret på den ameri­kanske luftbase i Thule. Han er den danske militære repræsentant på stedet og har indsigt med alle aktiviteter i området.