Som følge af Aftale om Forsvarets Ordning 2005 – 2009 (Forsvarsforliget) underlægges alle Forsvarets tjenestesteder i Grønland samt Patruljetjenesten Nord- og Nordøstgrønland (PNG) pr. 1. januar 2006 Chefen for Grønlands Kommando.

Hidtil har Station Nord og Luftgruppe Vest i Kangerlussuaq været underlagt Chefen for Flyvertaktisk Kommando i Danmark, og Sirius, Forsvarets Vagt i Mestersvig samt PNG har været underlagt Søværnets Operative Kommando. PNG ændrer samtidigt navn til Logistik Center Grønland (LCG), men vil dog fortsat primært virke fra faciliteter i Danmark.

Den nye organisation betyder, at medarbejderstaben ved Grønlands Kommando udvides fra de nuværende ca. 65 til ca. 100.

Formålet med den nye organisation er at samle Forsvarets tjenestesteder og aktiviteter i Grønland under en chef. Endvidere forventes tidligere oplevede misforståelser, om hvem der er ansvarlig for hvad, at kunne undgås, idet alle henvendelser vedrørende Forsvaret i Grønland fremover skal rettes til Grønlands Kommando.