HO er organiseret med en stab, tre afdelinger og et falkultet.
Staben løser de for uddannelsen vigtige støttefunktioner såsom IT-drift, etablissement, kursusvirksomhed, sekretariat, cafeteria m.v. Flere af disse opgaver styres fra foresatte tjenester og myndigheder.
Eleverne er organiseret under de to afdelinger GRO og VUT, hvor hhv. kadetter (premierløjtnantselever) og elever (kaptajnselever) hører hjemme. Endvidere hører holdførere og taktiklærere på de to niveauer til i de to afdelinger.
TAK-E afdelingen behandler al hærspecifik efterretningstjeneste og støtter de to andre afdelinger med lærere i efterretningstjeneste.
Endelig er der falkultetet med fire faggrupper: