Den videre udvikling
Da det blev aktuelt at bygge en ny og moderne kampinformationsskole (Action Information School (AIS) i dag benævnt søværnets Taktikkursus, blev det besluttet, at denne skulle opføres i Frederikshavn på flådestationens område. Skolen blev indviet og taget i brug 2. oktober 1972 og har siden medvirket til at alt personel i søværnet, som beskæftiger sig med operationer, har stiftet bekendtskab med flådestationen og byen. Den 1. januar 1979 blev inspektionsskibene udrustningsbaserede i Frederikshavn, og den 1. april 1979 oprettes Inspektionsskibseskadren, og eskadrechef med stab blev placeret på flådestationen.
Den 1. november 1990 fik inspektionsskibene Flådestation Frederikshavn som basehavn; dette betød, at personellet fik Frederikshavn som hjemsted.
I 1982 besluttes det, at Søfartsstyrelsens 4 isbrydere skulle placeres på Flådestation Frederikshavn. Der blev derfor foretaget en udbygning af ydermolen med 2 knaster, hvor isbryderne kunne placeres 2+2 uden at optage plads i flådestationens egentlige havnebassin. Siden 1990 er isbryderne blevet bemandet med søværnets personel under sejlads, og fra 1. januar 1996 blev isbryderne overflyttet fra Søfartstyrelsen til søværnet
og er indgået i flådens tal med organisatorisk tilhørsforhold i 1. eskadre.
Forsvarsforliget af 14. marts 1989 indeholdt den for søværnet historiske beslutning om "tilpasning af søværnets støttestruktur". Til den detaljerede planlægning nedsattes en styringsgruppe under Forsvarsministeriet. Styringsgruppens redegørelse omfattede 2 modeller for flådens fordeling mellem Frederikshavn og Korsør.
Redegørelsen dannede grundlag for de politiske forhandlinger, der fastlagde den endelige udflytningsmodel i form af en tillægsaftale til forsvarsforliget.
Aftalens indhold omfatter 6 hovedmål, nemlig:
Fordeling af flåden ved Flådestation Frederikshavn og Flådestation Korsør efter udflytning fra Holmen.
Reduktion af Flådestation København til anløbshavn.
Udflytning af eskadre, skibe og orlogsværftets specialværksteder til provingsflådestationerne.
Tilpasning af Søværnets materielkommandos Centralledelsesstruktur.
Overførsel af den resterende del af Orlogsværftets skibsvedligeholdelsesarbejder til civile danske værfter.
Reorganisering og forenkling af skolestrukturen og reduktion i antal skoler fra 7 til 4.
Gennemførelse af udflytningen fra Holmen har stort set fulgt den fastlagte tidsplan. Den 1. april 1992 flyttede Mineskibseskadrens stab og minelæggerne til Frederikshavn. Fra samme dato ændrede Inspektionsskibseskadren og Mineskibseskadren navn til 1. og 3. Eskadre.
Ubådseskadren blev fra 1. maj 1993 baseret i Frederikshavn og fra samme dato ændredes
navnet til 5. Eskadre.
Den meget omfattende udflytning af forsyningsområdet blev gennemført planmæssigt.
Der blev desuden udført et meget omfattende nybyggeri i forbindelse med udflytningen, eksempelvis af en ny værkstedsbygning på 7.000 m², nyt gennemgangslager, ny etablissementsbygning, ny beboelsesfløj samt Brandskolen i Hvims. Derudover blev der foretaget en række renoveringsarbejder og nyindretninger i eksisterende bygninger. Udflytningen fra Holmen var tilendebragt 1. januar 1996 og har betydet, at der nu er ca. 1.850 personer ansat ved Søværnet i Frederikshavn. Der er otte af søværnets myndigheder placeret i Frederikshavn, idet der ud over de tre eskadrer samt AIS placeret på flådestationen er Kattegats Marinedistrik, Søværnets Sergent- og Reserveofficersskole og Søværnets Teknikskoles Havarikursus. Hertil kommer et antal depoter under flåde-
stationens forsyningsafdeling.