3 Ingeniørbataljon kan føre sine aner tilbage til Hærloven af 1909, hvor bataljonen blev oprettet med tre liniekompagnier (8, 9 og 10 kompagni). Frem til og med starten af 1950erne ændrede Bataljonens organisation sig løbende i takt med de skiftende regeringer og vedtagelsen af nye hærlove.

Med oprettelsen af to selvstændige Ingeniørregimenter den 1. november 1951 blev 3 Ingeniørbataljon formeret under Jydske Ingeniørregiment og underlagt Jyske Division, som senere blev til Danske Division.

Under hovedparten af den kolde krig var 3 Ingeniørbataljon en ren mobiliseringsenhed med en lille kadre af fast personel. Bataljonen bestod i store træk af et Stabskompagni, et Parkkompagni og tre Motoriserede Ingeniørkompagnier (dog fire Motoriserede Ingeniørkompagnier i perioden 2001-2005).

Ud over store mængder af diverse værktøj, miner og sprængstoffer indeholdt Bataljonen et væld af specialiserede Ingeniørmaskiner samt overgangsmateriel i form af Feltbro M/62 og Feltbro DIP.

Selvom Bataljonen var en enhed i mobiliseringsstyrken, havde Bataljonen gennem årerne et særdeles højt aktivitetsniveau, hvilket ikke mindst skyldtes et meget aktivt korps af engagerede Reserve Officerer og Befalingsmænd.

3 Ingeniørbataljon har opereret i rammen af sin nuværende organisation siden august 2005.