Blasonering:
I blåt felt to krydslagte guldlyn, hvorpå er lagt en forfra set svømmende svane med guldkrone om halsen og løftede vinger. I guldskjoldhoved strøet med røde søblade en heraldisk søløve med rød tunge, guldkronet og guldbevæbnet.

Skjoldet hviler på et anker hvorover en kongekrone.

Motivering:
Fælles for våbenskjold ved eskadrerne i søværnet er et skjoldhoved med et af de danske våbendyr, varieret med en fiskehale for at markere den maritime funktion.

De danske våbendyr er tre blå løver med rød tunge, guldkløer og guldkrone i guldfelt, strøet med røde søblade.

Specifikt for våbenskjoldet i 2. Eskadre, der består af de sammenkoblede symboler fra den gamle 2. Eskadre (svanen med krone) og den gamle 4. Eskadre (korslagte lyn), gælder at dette blev tildelt 2. Eskadre ved kongelig forordning ved oprettelse af den nye 2. Eskadre 1. januar 2000.

Godkendt af H.M.  Dronning Margrethe II den 14. juli 2001.