Blasonering:
I blåt felt et rundt sølv fæstningstår af Martello-typen på sølv jord over blå bølger.
I guld skjoldhoved en blå kanon.

Skjoldet hviler på et anker hvorover en kongekrone.

Motivering:
Som våbenfigur for Flådestation Frederikshavn er valgt det i Christian V's tid til beskyttelse af flådebasen Fladstrand opførte fæstningstårn, det såkaldte krudttårn. Tordenskiold benyttede Fladstrand som base i  årene 1712-17.
Skjoldhovedets kanon, der er et symbol for militær styrke, er valgt som fællesmrke for visse landinstitutioner herunder Flådestation Frederikshavn.

Godkendt af H.M. Kong Frederik den 20. november 1963.