Blasonering:
I guld felt strøet med blå alliker et firsidet rødt borgtårn fra Valdemarernes tid bag en rød vold oer guld bølger.
I blåt skjoldhoved en guld kanon.

Skjoldet hviler på et anker hvorover en kongekrone.

Motivering:
Som våbenfigur for Flådestation Korsør er valgt søbatteriets tårn fra Valdemarernes tid. Feltet er støet med alliker, da søbatteriets tårn også har været kaldt alliketårnet.
Skjoldhovedets kanon, der er et symbol for militær styrke, er valgt som fællesmærke for visse landinstitutioner herunder Flådestation Korsør.

Godkendt af H.M. Kong Frederik IX den 20. november 1963.