Søværnets Våbenkursus planlægger, tilrettelægger, gennemfører og kontrollerer den våbenfaglige uddannelse i artilleri-, missil-, undervandsvåben- og minestrygningssystemer (såvel f.s.v.a. våbenteknik som våbenanvendelse (i relation til MULTEX)) samt maritim ammunitionsrydningstjeneste med hertil knyttede opgaver af sikkerhedsmæssig karakter.

  
Søværnets Våbenkursus  varetager den til ovenstående hørende sagsbehandling og skal herunder udarbejde generelle uddannelsesbeskrivelser samt forslag til uddannelses- og fagplaner.

  
Søværnets Våbenkursus  skal tillige:
- Gennemføre træning i ovennævnte opgaver for søværnets enheder.
- Gennemføre og udvikle MULTEX (Multi Threat Exercises).
- Yde anden uddannelsesstøtte i f. m. søværnets øvelsesvirksomhed.
- Løse andre uddannelsesrelaterede opgaver f.s.v.a. våbenuddannelse.

  
Søværnets Våbenkursus er Søværnets kompetencecenter for våbenanvendelse og bidrager til løsning af Søværnets Specialskole overordnede opgaver og bidrager direkte til Søværnets Operative Kommandos sagsbehandling inden for ansvarsområdet som følger. 
- Våbenanvendelse under freds- og krigsforhold.
- Faglig rådgivning om personel- og enhedsuddannelse på våbenområdet.
- Medvirke ved vidensopbygning og vurdering af den maritime våbenmæssige udvikling, herunder medvirke ved søværnets studie- og udviklingsvirksomhed.
- Deltage i inspektionsvirksomhed.
- Anden våbenfaglig sagsbehandling.

 
Af øvrige opgaver skal Søværnets Våbenkursus varetage flg.
- Yde assistance til Forsvarets myndigheder under anvendelse af det værnsfælles dronemateriel samt forestå udvikling inden for droneområdet.
- Udarbejde produktionsmål samt forslag til- og afvikling af budget.
- Varetager sikkerhedsforhold for skydeområderne ved Sjællands Odde.
- Vagttjeneste.