I daglig tale kaldes Holmens Hovedvagt for ”Under Kronen”. Den overdimensionerede krone præger den smukke bygning. Bygningen er opført i 1745 til dels efter arkitekt Philip de Langes tegninger. Selve bygningen er en af datidens almindelige vagtbygninger, men tårn og krone har gjort den til noget særligt. Uret i tårnet er lavet af urmager Peter Mathiesen i 1752, og er en gave fra kong Frederik V. Bygningen er den første grundmurede bygning på Nyholm, hvilket dog ikke har forhindret alvorlige sænkningsskader. Fra tårnet kunne vagten overvåge adgangen til Toldboden og til Nyholm.

Bygningen var til Holmens vagtmandskab. I midten af 1800-tallet var den nordlige indgang indrettet med to vagtstuer og et lille køkken, ligesom der var et rum til den vagthavende læge.

I den sydlige indgang var der et lille kontor som brugtes af Skipperen på Nyholms bradbænk. Her fandtes også mønstringslokalet og en vagtstue for underofficerer og det øvrige mandskab. I et hjørne af mandskabets vagtstue lå arresten. Her var også plads til nøglerne til Holmens værksteder, magasiner og sprøjtehuse.

Fra Hovedvagten målte vagten hver time både luftens temperatur og den lokale vandstand.

Efter bygningen ophørte med at være vagtbygning blev den indrettet til Søværnets chef og Chefen for flådestationen.

Mange udenlandske ambassadører og skibschefer har aflagt høflighedsbesøg efter modtagelse af det traditionelle honnør fra Batteriet Sixtus.

Og det var her hvor vordende skibschefer, stående foran admiralens skrivebord, modtog ordrer for sin kommende udkommando, og hvor andre skibschefer modtog reprimander for forkerte beslutninger. Et gulvtæppe, der dækker glæde og skuffelse.

Panelerne og møbler i admiralskontoret stammer fra salonen på kongeskibet Slesvig. Og i hjørnet står Søværnets Edsfane, der blev brugt frem til omkring 1920.